Gümrükleme sürecindeki önemli adımlardan biri de diğer kurum ve kuruluşlar tarafından verilen lisanslardır ve bu lisanslar alınana kadar gümrükleme mümkün değildir. Ruhsat verilmesi gereken mallarda, ruhsatlandırma sürecinin uzaması nedeniyle malın gümrük yerlerinde durdurulma süresi uzar, yüklenen sorumluluk ve ek masraflar gümrük veya ruhsat veren kuruluş tarafından karşılanmaz.