یکی از مراحل مهم در فرآیند ترخیص کالا از گمرک، مجوزهایی است که توسط سازمان‌ها و نهادهای دیگر صادر می‌گردد و تا زمانی که این مجوزها اخذ نگردد ترخیص کالا از گمرک ممکن نیست. در صورتی‌که در مورد کالاهای نیازمند اخذ مجوز مدت توقف کالا در اماکن گمرکی به‌دلیل طولانی شدن پروسه اخذ مجوز افزایش یابد مسئولیت و هزینه‌های اضافی تحمیل شده متوجه گمرک یا سازمان مجوز دهنده نمی‌شود.